PCR反應(yīng)過程中內(nèi)參基因的作用如下：

1. 判斷樣品提取是否成功。假如你提取了總RNA然后再做逆轉(zhuǎn)錄得到cDNA，然后再去跑PCR發(fā)現(xiàn)沒有結(jié)果，是不是表示樣品中沒有你的目的基因呢？答案是：不一定。要根據(jù)使用同一模板跑出的內(nèi)參基因的結(jié)果才可判斷。內(nèi)參基因的CT在一個合理范圍（比如20左右）的前提下，才能說明樣品制備沒問題，在這個前提下，做出來的結(jié)果才是可信的。

2 .用來計算目的基因的表達量。在進行相對定量PCR時，所有的目的基因都要經(jīng)內(nèi)參基因的校正后才能進行比較，因為每個樣品的提取效率都可能不同，所以不能簡單的把每個PCR結(jié)果的CT值直接進行比較，這樣是沒有意義的。只有把目的基因的表達量與內(nèi)參基因的表達量相除以后得到一個比值、然后把這個比值進行比較，才是有意義的，而且這個比值可以量化，終得到表達量的RQ值。

3. 與熔解曲線相對照。有時我們會發(fā)現(xiàn)染料法qPCR的熔解曲線很差，并非單峰，這時先不要確定是引物的問題，還要先看一下內(nèi)參的CT。假如內(nèi)參的CT值很高，超過30，而目的基因的CT值很大甚至接近40，則說明模板濃度過低，導(dǎo)致出現(xiàn)非特異性擴增的可能性增加、而目的片段含量過少。解決方法是要重新制備PCR模板。